Фамилия Нелубин — редкий случай, когда основа читается как отрицание: «не любить». Но не спешите записывать предка в мизантропы. Прозвище Нелюб (а без ударного «о» в корне оно звучало как «Нелуб») на самом деле ничего не говорило о характере. В старых русских говорах «нелюб» означало немилого, нелюбимого человека, но чаще — пасынка или неродного ребёнка. Так могли назвать приёмного сына в семье, чтобы отличить от родных детей: «этот — нелюб, не наша кровь». Со временем прозвище перестало быть обидным и превратилось в фамилию.

Модель образования простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Нелубин, то есть сын Нелуба). Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где -ин так же распространён, как -ов на юге. Встречается Нелубин редко — по открытым данным, несколько сотен носителей, в основном в Вологодской, Кировской и Архангельской областях. География подсказывает, что фамилия могла закрепиться в среде черносошных крестьян или посадских людей, где прозвища часто передавались по наследству без изменений.

Есть и другая версия, менее вероятная: от диалектного глагола «нелубить» — не одобрять, не хвалить. Но в этом случае прозвище скорее звучало бы как Нелюб или Нелюбка. Форма Нелубин с ударением на последний слог (а не на «у», как можно подумать) окончательно закрепила за фамилией значение «принадлежащий Нелубу». Если сравнивать с однокоренными — Нелюбов, Нелюбин, Любимов — видно, что Нелубин стоит особняком: он не про отсутствие любви, а про социальный статус в крестьянской общине.