Фамилия Нерубин — редкий случай, когда основа не просто затемнена, а почти наверняка указывает на отчество, образованное от неканонического имени или прозвища. В ней нет суффикса -ов/-ев, который превращает имя отца в фамилию у подавляющего большинства русских. Вместо этого мы видим суффикс -ин, который в русской модели означает «чей?» — сын Нерубы, внук Нерубы. Вопрос упирается в то, что такое «Неруба» и откуда взялось это слово.

Самая прямая и правдоподобная версия — прозвище Неруба, образованное от глагола «рубить» с отрицательной частицей «не». В диалектах и в старой речи «неруба» могли назвать человека медлительного, неповоротливого, того, кто «не рубит сплеча» — ни в прямом смысле (плохой работник с топором), ни в переносном (нерешительный, осторожный). В отличие от фамилий вроде Нерубенко или Нерубов, которые тоже встречаются, форма Нерубин жёстко привязана к модели «чей сын» и локализована в центральных и северных регионах России, где суффикс -ин исторически преобладал над -ов.

Вторая, более спорная версия выводит основу из тюркских языков, где корень «неру» или «неруб» мог означать что-то вроде «непокорный» или «упрямый». Однако для этой гипотезы нет убедительных параллелей в известных тюркских антропонимах, и она выглядит натянутой. Гораздо проще объяснить фамилию через русское прозвище: «неруба» — человек, который не рубит, не режет, не действует резко. Такое прозвище могли дать крестьянину, который работал медленно, но основательно, или, наоборот, ленивому работнику.

С точки зрения социальной истории, фамилия Нерубин — типичная крестьянская или мещанская, без следов дворянского происхождения. Она не встречается в родословных книгах и не фиксируется в старых боярских списках. Это значит, что предки носителя этой фамилии в большинстве своём были людьми податных сословий, и их прозвище закрепилось в документах XVIII–XIX веков, когда крестьянам массово давали фамилии по уличным кличкам. Сегодня фамилия крайне редка, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних регионов, где прозвище Неруба было в ходу.