Фамилия Нерубенко принадлежит к распространённому типу украинских семейных именований, образованных при помощи патронимического суффикса -енко. В буквальном смысле она означает «сын Неруба», то есть потомок человека с прозвищем Неруб. Такая модель сложения была особенно популярна в Левобережной Украине и на Слобожанщине в XVII–XVIII веках, поэтому географически фамилию стоит связывать именно с этими землями.

Основа прозвища Неруб — глагол «рубить» с отрицательной частицей «не». На первый взгляд такое имя звучит странно, но за ним стоит вполне конкретный обычай. Рубом в старину называли человека, получившего рубленую рану или увечье на войне — след от сабли или топора оставался на всю жизнь и становился его приметой. Родители, провожая сына в поход или в рекруты, надеялись уберечь его от такой участи. Поэтому, чтобы судьба не нашла парня, ему давали «охранительное» прозвище Неруб — то есть «тот, кого не рубят, кто вернётся домой невредимым».

Подобные имена-обереги встречаются и в других славянских фамилиях: Неруб, Нерубай, Нерубащенко. Они работали по той же логике, что и имена типа Некрас или Неждан: родители нарекали ребёнка словом с отрицанием, чтобы обмануть злые силы и отвести от него беду. Прозвище Неруб со временем закрепилось за потомками, и уже их дети и внуки стали писаться Нерубенко.

Позже прозвище Неруб, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Так что современный носитель фамилии Нерубенко может с уверенностью считать, что его далёкий предок был человеком, которого родные хотели уберечь от военной травмы, — и, судя по тому, что род продолжился, оберег сработал.