Фамилия Нерубацкая — женская форма фамилии Нерубацкий, и её разговорный вариант Нерубацкая. В основе лежит прозвище Нерубац или Нерубака, которое указывает на род занятий или характер человека. Корень «руб-» связан с действием «рубить»: в древнерусском языке рубака — воин, рубщик леса, а также человек, который «рубит сплеча», то есть резкий, прямой. Приставка «не-» в прозвищах часто носила отрицательный или противопоставительный смысл: Нерубацкий — тот, кто не рубит, либо, по другой версии, «не-рубака» в значении «не воин», «мирный человек». Однако в народной ономастике приставка «не-» могла и усиливать качество, образуя прозвище с оттенком «настоящий, отменный» (ср. Некрасивый в значении «очень красивый» по принципу обратной гиперболы). Поэтому Нерубацкий мог быть как искусным мастером, который не рубит зря, так и человеком, вовсе не склонным к рубке.

Суффикс «-цк-» (в форме «-цкий») указывает на географическую или сословную принадлежность. В польской и западнорусской традиции фамилии на -цкий получали шляхтичи по названию имения или местечка. Если бы существовал топоним Неруба (гипотетическое село или урочище), то Нерубацкий означал бы «выходец из Неруб». Прямых исторических записей о таком населённом пункте нет, но в украинской и белорусской топонимике встречаются названия вроде Нерубайка, Нерубань. Это делает версию о прозвищном происхождении более вероятной: фамилию образовали от личного прозвища, а суффикс -цкий добавили по модели, популярной среди православной шляхты и мещан Речи Посполитой.

Фамилия редкая, сконцентрирована в юго-западных регионах бывшей Российской империи — на Украине и в Беларуси. Встречается также у потомков переселенцев на Кубань и в Сибирь. Поскольку фамилия недворянская (в гербовниках не числится), её носители, скорее всего, происходили из казачьей или крестьянской среды, где прозвища, отражавшие ремесло или поведение, были обычным делом.

Интересная деталь: в некоторых говорах «рубац» означало не только рубщика, но и портного (от «рубить» — кроить ткань). Если Нерубацкий был портным, прозвище могло означать «не кройщик», то есть человек, который шьёт, не кроя, — возможно, с ироничным подтекстом. Но основная версия всё же связывает фамилию с лесорубным или воинским делом.