Фамилия Немазанников — одна из тех, что хранит в себе глагол в чистом виде. Её основа — «немазанник» — человек, которого не мазали, не помазывали. Сразу напрашивается бытовая версия: «немазаный» в прямом смысле — тот, кто не смазывал колёса телеги, не мазал сапоги дёгтем или не белил печь. Но более вероятно, что прозвище Немазанник давали человеку, который не был помазанником в церковном смысле — то есть не крещёному или не принявшему миропомазание. В старообрядческой среде, где к обрядам относились строго, такое прозвище могло прилипнуть к человеку, уклонявшемуся от официального таинства.

Суффикс -ник в основе — типичный для прозвищ, обозначающих лицо по действию или его отсутствию: «молчальник», «гуляка», «непоседа». Модель «не- + глагол + -ник» встречается редко, но она есть: вспомните фамилии Немоляев, Недобитков. В случае с Немазанниковым к основе добавился патронимический суффикс -ов, который в русских фамилиях означает «сын Немазанника». То есть фамилия закрепилась за потомками человека, которого в своё время прозвали Немазанником.

Интересно, что фамилия практически не встречается в центральных губерниях — её ареал тяготеет к Уралу и Сибири. Это косвенно указывает на старообрядческие корни: раскольники, бежавшие от реформ Никона, селились компактно, и прозвища, связанные с отношением к церковным обрядам, там были особенно живучи. В переписных книгах XVIII века по Зауралью попадаются Немазанниковы, но в дворянских родословных их нет — фамилия однозначно крестьянская или мещанская.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна: у неё нет однокоренных аналогов вроде Мазанников (хотя Мазанов есть). Это говорит о том, что прозвище возникло в узком кругу и не распространилось широко. Сегодня Немазанниковых в России — единицы, и каждый носитель, скорее всего, потомок того самого «непомазанного» предка, который пошёл против церковной традиции.