Фамилия Немкаева восходит к тюркскому имени Немкай, которое, вероятно, образовано от двух основ: nem – «сырой, влажный» и kay – «летний дождь». Скорее всего, такое имя получил ребёнок, родившийся в сырую погоду. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Немкаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.