Фамилия Нимкаева — редкий случай, когда географический корень почти не вызывает споров. Её основа — не имя и не ремесло, а этноним: «нимка» или «нимк» — так в прошлом русские переселенцы и этнографы называли одну из групп селькупов, коренного народа Западной Сибири. Селькупы, известные также как «остяко-самоеды», делились на родовые группы, и «нимки» — одно из таких подразделений, живших по рекам Таз и Турухан. Соответственно, Нимкаев — это «сын нимка», то есть человек из этого рода или местности.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на мягкую основу: фамилия образована от прозвища или этнонима Нимкай (с мягким знаком на конце), что типично для тюркских и сибирских фамилий, адаптированных русской моделью. Женская форма Нимкаева, разумеется, следует за мужской. Встречается фамилия почти исключительно в Сибири — в Томской и Кемеровской областях, а также в Красноярском крае, что подтверждает её региональную привязку.

Иной версии, связывающей фамилию с тюркским корнем «ним» (например, «тайна» или «скрытый»), нет серьёзных оснований: в тюркских языках такой основы с суффиксом -кай не зафиксировано. Куда вероятнее, что перед нами редкий случай фамилии, прямо указующей на этническое происхождение предка — нимка по крови или по месту жительства.

Социальный контекст прост: предки Нимкаевых — скорее всего, охотники и рыболовы из селькупских стойбищ, попавшие в русские метрические книги в XIX веке, когда крещёным сибирским народам начали давать фамилии по родовой принадлежности. Фамилия не дворянская и не купеческая, а народная, сибирская, с ясным и почти архаичным звучанием.