Фамилия Нимкаев образована от имени Нимкай (варианты — Немкай, Нымкай). Вероятно, образовано от тюркского слова nem – «сырой, влажный» при помощи уменьшительно-ласкательного суффикса -кай. Скорее всего, такое имя получил ребёнок, родившийся в сырую погоду. Однако не исключено, что в основе этой фамилии лежит казахское слово «ным» - «смола».