Фамилия Нимкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от имени или прозвища на -а (-я) с помощью патронимического суффикса -ин. Исходная форма — Нимка. Вопрос в том, что скрывается за этим Нимкой.

Наиболее вероятная версия — связь с крестильным именем. В православных святцах есть имя Нимфа (греч. νύμφη — невеста, нимфа), которое в просторечии могло сократиться до Нимка. Такие усечения (Нимка, Нимфа, Ним) были обычны в крестьянской среде: полное имя заменяли ласкательной или обиходной формой, а затем от неё и «закрепляли» фамилию. В этом случае Нимкин буквально означает «сын Нимки» или «потомок Нимки».

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах слово «нимка» или «нимок» могло обозначать немого человека (от «немой»). Прозвище Нимка давали тому, кто плохо говорил, заикался или был молчалив от природы. Фамилия Нимкин могла закрепиться за потомками такого человека. Эта версия правдоподобна, но уступает первой: прозвищ от физических недостатков в русских фамилиях много (Глухов, Немов), но форма Нимка для «немого» нехарактерна — обычно использовали Немой или Немко.

Встречается фамилия Нимкин в основном в центральных и северных регионах России, что типично для фамилий на -ин, образованных от имён и прозвищ. В дореволюционных переписях её носители — преимущественно крестьяне и мещане, без привязки к какому-то одному роду занятий. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, с высокой долей вероятности фамилия Нимкин восходит к крестильному имени Нимфа (через форму Нимка). Корень редкий, но модель образования стандартная для русского быта.