Фамилия Немякина — женская форма, мужской вариант — Немякин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Немяка. Словообразовательная модель стандартна для северных и центральных русских говоров: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Немякин — сын или потомок Немяки.

Корень — «мяк-» (тот же, что в словах «мягкий», «мякиш», «мякина»). Приставка «не-» даёт отрицание. Самая прямая версия: Немякой в старину называли человека нежного, мягкотелого, неспособного к грубой работе или, наоборот, того, кто избегал телесных наказаний и «мягко стелил» в разговоре. Однако есть и более бытовая гипотеза. «Мякина» — это отходы при обмолоте зерна, полова. Немякина — «не мякина», то есть не пустое, не никчёмное зерно, а добротный колос. В крестьянской среде такое прозвище могло быть ироничным или, напротив, уважительным: человек, который не сор, а настоящий кормилец.

География фамилии тяготеет к Поволжью и Приуралью. Встречается в старых переписях Саратовской, Самарской, Оренбургской губерний. Это зона, где активно бытовали прозвищные фамилии, образованные от просторечных прилагательных и существительных. Немякины могли быть государственными крестьянами или однодворцами — сословием, которое стояло между крестьянами и мелкими помещиками и сохраняло в фамилиях много диалектных черт.

Отдельно стоит отметить, что фамилия Немякина не имеет отношения к тюркским корням, в отличие от многих соседних по региону фамилий. Она чисто славянская, с прозрачной внутренней формой, хотя и редкая. В письменных источниках XVIII–XIX веков встречаются варианты написания «Немякин» и «Немякинов» — последний мог возникнуть под влиянием более распространённых фамилий на -ов, но не прижился.