Фамилия Непахарев образована от прозвища Непахарь. Оно ведет свое начало от нарицательного «пахарь» со значением «земледелец, тот, кто пашет землю». Именование Непахарь образовано при помощи частицы отрицания «не-». Вероятно, прозвище Непахарь указывает на социальный статус или место жительства его обладателя. Так могли назвать того, кто не занимался обработкой земли, то есть не был крестьянином. Кроме того, Непахарем могли прозвать городского жителя, который переехал жить в сельскую местность. Так и прозвище Непахарь закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Непахарев. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Непахарь, со временем получил фамилию Непахарев. Так, в Книге памяти Республики Коми упоминается Михаил Митрофанович Непахарев, родившийся в 1912 году в селе Докторово Липецкого района Центрально-Черноземной области. Среди известных однофамильцев можно назвать московского художника, члена Творческого союза художников России Юрия Васильевича Непахарева.