Фамилия Непаев — редкий пример, где основа читается неоднозначно. На первый взгляд в ней слышится отрицание: «не пей». Но русские фамилии редко образуются от прямых повелительных форм глаголов с частицей «не». Такая модель встречается, но обычно в «обережных» именах вроде Некрас, Немил — здесь частица «не» слилась с корнем ещё в древнерусском прозвище. С Непаевым сложнее: глагольное окончание -ай выдаёт скорее тюркское или финно-угорское влияние.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское личное имя Непай или Ныпай. В башкирском, татарском, казахском языках есть корни со значением «опора», «покровительство» или «щедрость». Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию: «сын Непая». Фамилия могла появиться у крещёных татар, башкир или представителей других народов Поволжья и Приуралья, перешедших в православие и получивших фамилию по отцу.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, — связь с диалектным словом «непай» (недоля, несчастье) или с глаголом «непаить» (не поить, лишать питья). В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком, которого в детстве дразнили Непаем — то есть обделённым, невезучим. Однако для прозвищ с таким значением в русском языке чаще использовали формы Недоля, Несчастливцев.

География фамилии подсказывает: Непаевы встречаются в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Это как раз регионы активного смешения русского и тюркского населения. Встречаемость низкая, что подтверждает: фамилия не массовая, а локальная, с чёткой привязкой к определённой семейной ветви.

Таким образом, Непаев — скорее всего, «сын Непая», где исходное имя имеет тюркские корни. Вариант с глагольным происхождением возможен, но маловероятен из-за редкости такой модели в русской ономастике.