Фамилия Непанов — редкий случай, когда при первом взгляде на неё возникает ощущение опечатки или нелепицы: «не пан»? Да, именно так. И это не шутка. В основе фамилии лежит прозвище Непан — «не пан». В польских, белорусских, украинских и западнорусских землях, где слово «пан» (господин, помещик) было обиходным, так могли назвать человека, который подчёркнуто не относился к панскому сословию. Не крепостной и не шляхтич, а, например, вольный крестьянин, ремесленник или казак. Прозвище могло быть ироничным: дать «непаном» бедному шляхтичу или, наоборот, человеку, который держался независимо и не кланялся панам.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую модель образования фамилий: Непанов — «сын Непана», «из рода Непана». Фамилия закрепилась, скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда на южных и западных окраинах Московского государства массово оформлялись фамилии по отчеству. Географически Непановы тяготеют к регионам бывшего Слобожанщины, Курской, Воронежской, Ростовской областей — там, где смешивались великорусское и малороссийское население.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия не упоминается как распространённая — это говорит о её локальности. Встречается вариант с ударением на второй слог: Непа́нов, что характерно для южнорусских говоров. Альтернативная версия, что основа — диалектное «непаный» (неопрятный, нечистый), менее вероятна: такое прилагательное не зафиксировано в авторитетных источниках, а прозвище «Непан» логически прозрачнее и имеет прямые параллели в антропонимике (ср. фамилии Небабин, Некрасов).

Сословное происхождение Непановых, скорее всего, крестьянское или однодворческое. В документах XIX века носители фамилии встречаются среди государственных крестьян южных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не известно — что вполне соответствует её «антипанской» семантике.