Фамилия Непар — редкий пример, когда прозвище стало фамилией без каких-либо суффиксов, в чистом виде. Это так называемые «нестандартные» или «неоформленные» фамилии, которые в русской традиции встречаются нечасто. Если бы фамилия была образована по обычной модели, мы бы увидели Непаров, Непарина или Непарского. Но её зафиксировали в том виде, в каком прозвище бытовало в речи.

Основа фамилии — слово «непар» или «непара». В диалектах и просторечии так называли человека, который не подходит к паре: неженатого, одинокого, либо того, с кем трудно найти общий язык, кто «не в масть». В крестьянской среде, где жизнь строилась на парном труде (муж и жена, два вола в упряжке), «непар» звучало как характеристика неполноценности или неудобства. Прозвище могли дать холостяку, вдовцу или, наоборот, неуживчивому человеку.

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «непар» означало нечто непарное, единственное в своём роде — например, предмет, у которого нет пары. Такое прозвище мог получить человек с какой-то физической особенностью (одноглазый, однорукий) или просто тот, кто выделялся из общей массы, был «один такой».

С географической привязкой сложно: фамилия настолько редкая, что её носители встречаются точечно, без ярко выраженного ареала. Можно предположить южнорусское или украинское происхождение, так как модель бессуффиксных фамилий из прозвищ там встречается чаще (ср. Жук, Швец, Коваль). Но Непар могла возникнуть и в северных регионах, где прозвища нередко превращались в фамилии без изменений.

Интересно, что фамилия не даёт сословной подсказки: её мог получить и крестьянин, и мещанин, и казак. Главное — прозвище было ярким и ёмким, поэтому его запомнили и закрепили за родом.