Фамилия Непра — редкий случай, когда прозвище или основа фамилии совпадает с корнем, который в русском языке имеет два противоположных значения. С одной стороны, «непра» может быть краткой формой от прилагательного «неправый», то есть виноватый, совершивший проступок. С другой — в диалектах (особенно северных и сибирских) слово «непра» означало «неправедный», «лукавый», но иногда и просто «упрямый», «с норовом». Скорее всего, фамилию дали человеку с трудным характером или тому, кто однажды провинился и получил такое прозвище.

Модель образования проста: суффикс -а в чистом виде, без патронимических суффиксов -ов, -ин или -ский, что указывает на прозвищное происхождение. В русской ономастике такие бессуффиксные фамилии — редкость, они характерны для украинской и белорусской традиции, но встречаются и на Русском Севере, где прозвища могли закрепляться без изменений. Поэтому географически фамилия Непра может быть связана с Псковской, Новгородской или Вологодской областями, где диалектное слово «непра» фиксируется в говорах.

Есть и другая, менее вероятная версия: отчество от имени Непр (сокращение от Непрядва или Непряха), но таких имён в святцах нет. Также возможно, что это описка или вариант фамилии Непря (от «непрясть» — не уметь прясть), но разница в написании и ударении существенна.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Неправдин, Неправедников) показывает, что основа «непр-» почти всегда отсылает к моральной оценке. В отличие от них, Непра — более грубая, прозвищная форма, без смягчающих суффиксов. Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или посадской среды, где прозвища давали метко и без обиняков.