Фамилия Непаратова — один из тех редких случаев, когда основа, на первый взгляд, прозрачна, но точное значение ускользает. Если отбросить версию о случайном искажении при переписи (что маловероятно из-за устойчивости формы), корень «непарат» явно восходит к глаголу «парить» или существительному «пар». Однако приставка «не-» и суффикс «-ат-» заставляют искать не прямое действие, а имя свойства.

Самая правдоподобная версия — прозвище Непарат, которое давали человеку, не любящему париться, то есть либо не переносящему жар и баню, либо, в переносном смысле, не склонному к тяжёлому, «потному» труду. В русских говорах слово «парат» (от «парить») могло означать «усердный работник», «тот, кто парится на работе». Соответственно, «непарат» — его противоположность: ленивый, медлительный или просто избегающий физического напряжения. Суффикс «-ат-» в основе (ср. «горбат», «богат») типичен для качественных прилагательных, перешедших в прозвища.

Менее вероятна, но возможна связь с глаголом «пороть» (в значении «резать, разделять»). В таком случае «непаратый» мог означать «не разрезанный», «цельный» — прозвище, данное человеку с крепким, плотным телосложением. Однако эта версия слабее, так как корень «-пор-» в русских фамилиях обычно даёт формы «Поротов», «Поратов», а не «Непаратов».

Фамилия образована по стандартной модели на -ов/-ев, что указывает на принадлежность: «чей сын?» — Непаратов. То есть предок носителя фамилии был человеком по прозвищу Непарат. Географически фамилия редкая, встречается точечно, без явной привязки к одной области, что характерно для прозвищ, возникших в среде однодворцев или черносошных крестьян, а не в крупных усадебных хозяйствах.

В словарях русского языка слово «непарат» не фиксируется, но это типично для бытовых, диалектных прозвищ, которые жили в устной речи и не попадали в литературные источники. По сути, Непаратовы — потомки человека, которого в деревне выделили по его отношению к бане или работе, и это отношение закрепилось в фамилии на века.