Фамилия Непли настолько редкая, что её носители, скорее всего, помещаются в пределах одной-двух областей. Это не типичная русская фамилия на -ов или -ин, что сразу наводит на мысль об иноязычном происхождении или о сильном искажении исходной формы при записи.

Самое правдоподобное объяснение — фамилия имеет польские или западнорусские корни. В основе может лежать слово «niepłochy» (непугливый, смелый) или «niepłony» (непустой, плодородный). Однако фонетически фамилия Непли гораздо ближе к польскому прозвищу «Niepły» — от «niepływać» (не плавать). Так могли прозвать человека, который боялся воды или не умел плавать, что в крестьянской среде было необычно и запоминалось. В белорусском языке есть схожее слово «няплы» (неплавкий, несплавной) — возможно, прозвище относилось к человеку тяжелому на подъем или несговорчивому.

Суффикс -и в конце — нехарактерен для русских фамилий. В польской традиции фамилии на -i часто обозначают принадлежность: «Neply» — «неплывущий», а русская адаптация просто застыла в форме прилагательного мужского рода. Если бы фамилия была исконно русской, она выглядела бы как Неплов или Неплин. Появление именно формы Непли говорит о том, что предок либо был поляком, либо жил на землях Речи Посполитой (современные запад Беларуси и Украины, Смоленщина), откуда фамилия и перекочевала в центральную Россию.

Вторая, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В семинарской среде фамилии иногда давали по латинским или греческим корням: «Nepos» (внук, племянник) могло превратиться в Непли. Но для этого нет прямых подтверждений, а фамилия слишком редкая, чтобы считать её массовой «семинарской».

Географически фамилия встречается единично в московском регионе и в Краснодарском крае — возможно, следствие миграций XX века. Сословная принадлежность предков неясна, но судя по прозвищной основе, это скорее крестьяне или мещане, а не дворяне.