Фамилия Непокойчицкий — один из тех редких случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, не просто сохранилось, а почти дословно перешло в фамилию. Корень здесь — «непокой», то есть беспокойство, тревога, отсутствие покоя. В старых говорах «непокой» могло означать и ссору, и хлопоты, и даже болезнь. Человек, получивший прозвище Непокой или Непокойка, явно был либо беспокойным по характеру, либо жил в постоянных заботах, либо сам создавал вокруг себя суету и шум.

Суффикс «-ицк-» в фамилии указывает на географическое или сословное происхождение. В восточнославянской ономастике фамилии на «-ский» (-цкий) чаще всего давались по названию местности или владения. Непокойчицкий — это человек из Непокойчиц, то есть из села или усадьбы, названной по прозвищу первого поселенца или владельца. Такая модель характерна для польской и западнорусской шляхты, а также для украинской старшины. В Речи Посполитой фамилии на «-ский» получали дворяне, владевшие землёй, а позже их перенимали и крестьяне, переселявшиеся из этих имений.

Вероятнее всего, Непокойчицкие — выходцы из западнорусских земель, возможно, из современной Беларуси или Украины. Там топонимы с корнем «непокой» встречаются до сих пор: например, деревня Непокойчица в Черновицкой области. Если фамилия принадлежала шляхетскому роду, её носители могли быть мелкопоместными дворянами, служившими при магнатах. Если же крестьянская ветвь — то прозвище просто закрепилось за семьёй, жившей в одноимённом селе.

Встречается и более прозаичная версия: прозвище Непокой могли дать ребёнку, родившемуся в трудное время или в большой семье, где было много хлопот. В таком случае фамилия образовалась по той же модели, что и многие другие: от личного прозвища с прибавлением суффикса принадлежности. Однако суффикс «-ицк-» всё-таки склоняет к «географическому» объяснению: Непокойчицкий — скорее «тот, кто из Непокойчиц», чем «сын Непокоя».

В любом случае, фамилия редкая и выразительная. Её носители, скорее всего, были людьми заметными — либо беспокойными по характеру, либо жившими на земле с неспокойной историей.