Фамилия Непокульчинский — один из тех случаев, когда разбор корня сразу подсказывает, откуда пошло прозвище. Основа здесь прозрачная: «непокульчий» или «не покульчивый». В русских говорах, особенно юго-западных и польско-белорусских, слово «покульчивый» означало сговорчивого, уступчивого, того, кто легко «покульчивается» — то есть гнется, соглашается, идет на сделку. Приставка «не-» даёт противоположное значение: «непокульчивый» — человек упрямый, несговорчивый, твердый в своем слове или решении. Такое прозвище мог получить крестьянин или мещанин, который не шел на поводу у общины или начальства, отстаивал своё.

Суффикс «-ский» указывает на шляхетскую или, шире, дворянскую модель образования фамилий в Речи Посполитой и на западнорусских землях. В польской и украинской традиции фамилии на «-ский» часто давались по названию имения или местности, но здесь основа — личное прозвище, что встречается реже. Вероятнее всего, Непокульчинский — это не топонимическая фамилия (от названия деревни), а прозвищная, которая со временем оформилась под влиянием польской ономастической моды. Второй вариант: существовало местечко или хутор Непокульчи (или Непокульче), от которого и пошла фамилия, но это менее вероятно — таких топонимов в современных атласах не зафиксировано.

Фамилия редкая, что говорит о локальном бытовании. Скорее всего, её носители — выходцы с территории современной Западной Украины или Беларуси, где польское влияние на язык и фамилии было особенно сильным. В польском языке есть слово «pokuć» (уговорить, убедить), и «niepokutliwy» могло бы означать «неуговорчивый», что подтверждает ту же логику.

В русских метрических книгах XIX века фамилия почти не встречается, что дополнительно указывает на её западнославянские корни. Если искать однокоренные фамилии, можно вспомнить Кульчинский, Покульский или Непокульский — все они построены по схожей модели и, вероятно, связаны с тем же кругом значений. Носителям фамилии стоит искать предков в Волынской, Подольской или Гродненской губерниях.