Фамилия Непонящая — редкий случай, когда фамилия звучит как законченная фраза, но на самом деле образована по обычной для русского севера модели. Её основа — прилагательное «непонящий» (тот, кто не понимает, недогадливый, простоватый). В говорах Архангельской, Вологодской и Пермской губерний слово «непонящий» означало не столько глупого, сколько человека, который «не в теме», медленно соображает или действует невпопад. Прозвище Непонящий давали либо в шутку, либо с лёгкой укоризной — например, нерасторопному работнику или ребёнку, который долго осваивал ремесло.

Ключевая особенность — окончание -ая. Это типичный «северный» суффикс принадлежности, характерный для фамилий, которые в исходной форме были притяжательными прилагательными и отвечали на вопрос «чей?»: чей? — Непонящего, в именительном падеже — Непонящая. Такие фамилии (Злобина, Веселова, Непонящая) в женском роде закрепились за целыми семьями, а не за отдельными женщинами. В отличие от центральной России, где фамилии на -ов/-ин склонялись по мужскому роду, на Русском Севере и в Сибири до XIX века нередко фиксировали всю семью под одной «женской» формой: «Крестьянин Фёдор Непонящая».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — происхождение от старого нецерковного имени Непоня (Непоняй). В документах XVI–XVII веков встречаются прозвища Непоня, Непойман, Непьющий — по той же модели отрицания. Но в таком случае фамилия звучала бы как Непоняев или Непонятин. Форма на -ая жёстко привязывает фамилию к прилагательному, а не к имени.

Географически фамилия редкая. Основные следы — в метрических книгах Вологодской губернии (особенно Тотемский и Вельский уезды) и среди старообрядцев Забайкалья, куда северян переселяли в XVIII веке. Встречаемость ничтожная, и сегодня носителей — единицы. Сословно — почти наверняка государственные или монастырские крестьяне, реже — мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если сравнивать с однокоренными — Непонятнов, Непонятный, Непонящий — то Непонящая стоит особняком: это не переосмысление в XIX веке (как часто делали с неблагозвучными фамилиями), а живая северная форма, сохранившаяся без изменений. В современном языке фамилия звучит иронично, но её носителям стоит помнить: предки не были «непонятными», а просто получили бытовое прозвище за неспешность или рассеянность — качество, которое в деревенском быту не считалось пороком, а скорее особенностью.