Фамилия Непшекуева образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Непшекуй. Суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть фамилия буквально значит «сын Непшекуя» или «из рода Непшекуя». Это типичная патронимическая фамилия, как Иванов или Петров, но с гораздо более редкой и неочевидной основой.

Корень фамилии ведет в адыгскую (черкесскую) языковую среду. Разложить её можно на две части: «непше» (ныпсэ) — это «честь» или «совесть» в адыгских языках, и «куй» или «куа» — распространенный компонент адыгских имен, означающий «сын», «потомок» или «мужчина». Таким образом, Непшекуй — это личное имя или прозвище, которое можно перевести как «сын чести» или «честный мужчина». Фамилия Непшекуева — это русифицированная форма адыгской фамилии Непшекуй (или Нэпсэкуй), где к основе добавлен русский суффикс принадлежности.

Географически фамилия привязана к Северному Кавказу, в первую очередь к Кабардино-Балкарии и Адыгее. Носители фамилии — кабардинцы или адыгейцы, чьи предки носили родовое имя Непшекуй. В адыгской традиции фамилии часто не имели окончаний, и только после вхождения в состав Российской империи их начали «обрусевать», добавляя суффиксы -ов/-ев. Женская форма Непшекуева, по русской грамматике, принадлежит женщине из этого рода.

С точки зрения социального статуса, фамилия не указывает на дворянское происхождение. Скорее всего, предки носителей были свободными общинниками или узденями (адыгскими дворянами низшего ранга), так как имя «Честный сын» несет положительную характеристику, но не титул. Встречается фамилия и в написании Нэпшекуева — это вариант, возникший из-за особенностей передачи адыгских звуков кириллицей.

В целом, Непшекуева — это редкая фамилия, которая прямо говорит о кавказских корнях, а её основа — о личном качестве предка, которого в роду почитали за честность.