Фамилия Непытаева — яркий пример того, как отрицательная частица «не» в основе может указывать на прозвище, закреплённое за человеком с определённым складом характера. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от полных форм имён или профессий, эта фамилия происходит от прозвища Непытай. В его основе лежит глагол «пытать» в значении «спрашивать, разузнавать, испытывать». Приставка «не-» придаёт всему слову значение «тот, кого не стоит пытать» — либо из-за скрытности и нежелания отвечать, либо, наоборот, из-за крутого нрава, при котором лишние расспросы были опасны.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Непытаев — сын Непытая. Такая модель (прозвище + -ев) типична для северных и центральных областей России, где фамилии часто фиксировали не имя, а устойчивую характеристику человека. Интересно, что в старых говорах слово «непытай» могло быть и именем-оберегом: родители нарекали так ребёнка, чтобы отвести от него любопытство злых сил или чужих людей. В этом смысле фамилия стоит в одном ряду с Неверов, Некрасов, Нелюбов — прозвищами с отрицанием, которые со временем стали фамилиями.

Встречается фамилия Непытаева довольно редко. Основные очаги бытования — Вологодская и Архангельская области, что подтверждает севернорусское происхождение. В документах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Непытай в Устюжском уезде, но массовой фамилией она так и не стала, сохранив локальный характер. Женская форма Непытаева — естественное патронимическое окончание для жены или дочери Непытаева, хотя в современном употреблении это чаще всего фамилия самой носительницы.