Фамилия Неряйнен звучит на русский слух необычно, но её происхождение прозрачно. Это типичная финская и карельская фамилия, образованная по модели, распространённой в восточной Финляндии и среди ингерманландских финнов. Суффикс -нен в финском языке — аналог русского -ов/-ев, означающий «принадлежащий», «родом из» или «сын такого-то». Чаще всего такие фамилии давали по имени отца, по местности или по прозвищу.

Основа фамилии — Неряй- — происходит от финского слова «närä» или «närhi». Первое значение — «сойка» (птица семейства врановых). Прозвище Неря (Närä) могли дать человеку крикливому, пёстро одетому или тому, кто, как сойка, любил чужие вещи. Второе значение — «хмурый», «угрюмый», «сердитый» (фин. «näräinen»). В карельских говорах слово «nerjä» означало «неряха», «грязнуля», и это тоже могло стать основой прозвища. Скорее всего, в основе лежит именно прозвище по характеру или поведению, а не по птице: в финской ономастике фамилии от названий птиц с суффиксом -нен встречаются реже, чем прозвищные.

Географически фамилия Неряйнен привязана к северо-западу России и Финляндии. Её носители — потомки финнов-ингерманландцев, переселившихся на земли вокруг Петербурга в XVII–XVIII веках, или карелов из Приладожья. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в приходах Ингерманландии (например, в окрестностях Гатчины и Тосно). В современной Финляндии фамилия Näräinen или Näräjnen тоже существует, но в виде Näräjnen встречается реже, чем Näräinen.

Русское написание «Неряйнен» — результат адаптации финского произношения: буква «я» передаёт финское ä (мягкое «а»), а «й» — след j, который в финских фамилиях часто стоит перед суффиксом. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Неря́йнен, хотя в русской речи нередко смещается на первый.

Интересная деталь: в русском языке фамилия совпала по звучанию со словом «неряха», и некоторые носители в советское время меняли её на Неряев или Нерягин, чтобы избежать двусмысленности. Но этимологически она с русской «неряшливостью» не связана — это чисто финская модель, где суффикс -нен указывает на происхождение, а не на качество.