Фамилия Нешайнов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было связано с характером или поведением человека, а не с ремеслом или местностью. В её основе лежит глагол «не шаять». В старых русских говорах «шаять» значило «шататься, качаться, ходить нетвёрдо» или, в переносном смысле, «колебаться, быть нерешительным». Соответственно, «нешайный» — это человек основательный, устойчивый, твёрдый в своих решениях, тот, кого трудно сбить с толку. Вполне возможно, что прозвище дали как антитезу: так могли назвать спокойного и рассудительного человека в окружении суетливых или ветреных людей.

Суффикс -ов указывает на стандартную для русского языка патронимическую модель: «чей?» — «Нешайнов», то есть сын Нешая или человек из семьи Нешайных. При этом само прозвище Нешай могло быть и именем-оберегом. В древнерусской традиции родители могли дать ребёнку имя с отрицательной частицей «не», чтобы «обмануть» злых духов: дескать, этот ребёнок не шаткий, не плохой — и потому его не тронут. Похожие примеры — Некрас (от «некрасивый»), Неждан (от «нежданный»), Неупокой. В этом ряду Нешай выглядит вполне органично: имя-пожелание, чтобы человек вырос стойким.

Встречается фамилия крайне редко. По данным переписей и архивов, основные очаги бытования — южные регионы России, в частности Ростовская область и Краснодарский край, а также единичные записи в центральных губерниях. Это может говорить о том, что прозвище было характерно для южнорусского диалекта, где слово «шаять» употреблялось активнее, чем на севере.

Однокоренных фамилий практически нет. Можно вспомнить разве что Шаянов — но там иная семантика (от тюркского имени или от «шайка»), и связь с Нешайновым скорее случайная. Зато есть параллель в модели: фамилии Неверов, Нечаев, Некрасов построены по тому же принципу «отрицание + качество». Нешайнов стоит в этом ряду как один из самых редких и семантически прозрачных вариантов.

Что касается сословного происхождения — скорее всего, предки были крестьянами или однодворцами. Фамилия не дворянская, не купеческая: в родословных книгах она не зафиксирована. Но именно это и делает её ценной для историка: она сохранила в себе живую народную речь, почти утраченное слово и характерный для Древней Руси способ именования.