Фамилия Нещенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс (вместе с уменьшительным -к-) указывал на потомка или сына: Нещенко буквально означает «сын Неща» или «потомок Неща». Вопрос упирается в то, что скрывается под основой Нещ- и кем был этот человек.

Самая вероятная версия — происхождение от прозвища Нещо (или Неща). В украинских говорах слово «неща» могло означать «нечто», «неизвестно что», но в контексте прозвища его стоит связывать с глаголом «нещити» — «уничтожать», «истреблять», «портить». Прозвище Неща могли дать человеку разрушительного нрава или тому, кто занимался разорением (например, во время набегов). Такие «отрицательные» прозвища на Руси и в Речи Посполитой были обычным делом: их давали не в обиду, а как оберег или просто по внешнему признаку. Со временем прозвище закрепилось за родом, и потомки стали Нещенками.

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с церковным именем Нестор. В устной речи имя Нестор могло сократиться до формы Нещо (через промежуточное Нешто). Тогда Нещенко — это «внук Нестора». Однако эта гипотеза слабее: переход «ст» в «щ» нехарактерен для украинской фонетики, хотя в отдельных диалектах возможен.

Географически фамилия Нещенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине, а также к югу России. В XIX веке носители фамилии записаны в основном среди казаков и крестьян. Сословная принадлежность типична: никаких дворянских родов с такой фамилией не отмечено, что подтверждает её «прозвищное» простонародное происхождение.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на владельца (Иванов — сын Ивана), суффикс -енко в украинской традиции подчёркивал именно родственную связь и был особенно популярен среди запорожских казаков. Нещенко — не исключение: это не географическая привязка и не ремесло, а прямое указание на предка, чьё прозвище или имя уже не поддаётся однозначной расшифровке.