Фамилия Нескордеев — редкий случай, когда прозвище застыло в отрицательной форме, но при этом не несёт явно уничижительного смысла. В её основе лежит древнерусское глагольное образование «не скордеть» — то есть «не вонять, не издавать смрада». В словаре Даля «скордеть» означает «вонять, нести смрадом», а родственное «скорда» — «вонь, смрад». Прозвище Нескордей могли дать либо человеку, который следил за чистотой и не пахнул потом, либо, что вероятнее, — с иронией, как охранительное имя: чтобы злые силы не наслали дурной запах, ребёнка называли «Нескордей», то есть «пусть не воняет».

Суффикс -ев указывает на притяжательную модель: Нескордеев — сын Нескордея. Это типичная для северных и центральных русских говоров фамилия, образованная от прозвища, а не от крестильного имени. Интересно, что в говорах Вологодчины и Архангельской области слово «скорда» употреблялось не только в прямом значении, но и как бранное обозначение неряхи или ленивого человека. Поэтому предок-Нескордей мог быть тем, кого в деревне уважали за опрятность — или, наоборот, дразнили с обратным смыслом, по принципу «счастливый» через «Несчастливцев».

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с диалектным «скорда» в значении «куча, ворох» (например, скорда сена). Тогда «не скордей» — «не сваливай в кучу, не мешай». Но эта гипотеза слабее: глагол «скордеть» в значении «вонять» фиксируется в памятниках письменности с XVI века, а «скорда-ворох» — локальный и поздний термин.

Фамилия Нескордеев встречается крайне редко, в основном в бывших владимирских и костромских землях. В документах XVII века отмечены крестьяне с прозвищем Нескордей в Суздальском уезде — скорее всего, оттуда и пошёл род. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, так что предки были, вероятнее всего, крестьянами или посадскими людьми. Несмотря на неблагозвучную для современного уха основу, фамилия не имела оскорбительного оттенка — в старой русской деревне прямая речь в прозвищах была нормой, и «Нескордей» звучало не грубее, чем «Беззубов» или «Косоротый».