Фамилия Нетопин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не утратило прозрачности даже спустя века. Она образована по типичной модели с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Нетопин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Нетопа. Исходное слово — глагол «нетопить» (не топить), и носитель прозвища, скорее всего, имел прямое отношение к печному делу, но с отрицательным оттенком.

В русских говорах «нетопь» или «нетопа» называли плохую, сырую печь, которая не держит жар, либо человека, который ленится или не умеет топить. Прозвище могли дать нерадивому истопнику, тому, кто вечно жаловался на холод в доме, или даже крестьянину, у которого из-за неисправной печи вечно стыла изба. В отличие от фамилий типа Топилкин или Топорков, Нетопин сразу сигналит о некоем недостатке, свойстве, которое бросалось в глаза соседям.

Менее вероятна, но возможна связь с гидронимом — в некоторых регионах есть речки с названием Нетопь (от «не топкий», то есть не болотистый). Тогда прозвище могло закрепиться за выходцем с берегов такой реки, но эта версия слабее: суффикс -ин в топонимических фамилиях встречается реже, чем -ский, и обычно требует дополнительных доказательств.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где печное отопление было основным, а за качеством топки следили строго. Встречается она нечасто, и это не случайно: прозвище с негативной оценкой давали не всем подряд, а тем, у кого этот недостаток был особенно заметен. В документах XVII–XVIII веков могли фиксировать крестьян и посадских людей с таким именованием, но массового распространения фамилия не получила — возможно, из-за того, что потомки старались сменить неблагозвучное прозвище на более нейтральное.