Фамилия Нетруненко произошла от прозвища Нетруня. По одной из версий, оно образовано от глагола «трунить», имеющего значение «шутить, насмехаться, подшучивать», с помощью отрицательной приставки «не-». Вероятно, прозвище отражало особенности характера и поведения основателя фамилии: он был серьезным, строгим человеком, который не любил шутить. Согласно другой гипотезе, основой для прозвища Нетруня послужило диалектное нарицательное «трун», которое в вологодских говорах имело значение «отрепье, ветошь». Тогда это прозвище мог получить мужчина, который всегда красиво и хорошо одевался. Так и прозвище Нетруня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Нетруненко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Нетруня, со временем получил фамилию Нетруненко.