Фамилия Нетруненко — характерный пример украинской фамилии, образованной от прозвища с помощью патронимического суффикса -енко. Этот суффикс, изначально означавший «сын» или «потомок», в XV–XVII веках массово закрепился в реестрах запорожских казаков и на Левобережной Украине, а затем распространился и на южнорусские земли. Поэтому, с высокой долей вероятности, предки современных Нетруненко происходят из украинских или пограничных русско-украинских губерний.

В основе фамилии лежит прозвище Нетруня. Самая правдоподобная версия связывает его с глаголом «трунить» — «шутить, насмехаться, подшучивать». Отрицательная приставка не- в древнерусских и украинских прозвищах часто работала как смысловой переключатель: она не просто отрицала качество, а указывала на его противоположность. Так и Нетруня — это человек, который не трунит, то есть ведет себя серьезно, строго, не любит праздных насмешек. Подобные «отрицательные» имена (Некрас, Незван, Немир) были широко распространены в древности как обереги или как меткие характеристики, и фамилия Нетруненко органично вписывается в этот ряд.

Существует и вторая, более редкая гипотеза. В вологодских говорах встречается нарицательное «трун» — «отрепье, ветошь». Если принять эту версию, то Нетруней могли прозвать человека, который, в противоположность «труну», всегда одет чисто и опрятно, не носит рваной одежды. Однако эта версия выглядит менее убедительной: во-первых, корень с таким значением локален и не характерен для украинского ареала, где фамилия получила распространение, а во-вторых, связка «не + существительное» в значении «не являющийся ветошью» семантически более натянута, чем простая и ясная модель «не + глагол».

Как бы то ни было, прозвище Нетруня закрепилось за конкретным человеком как его обиходное именование. Его дети и внуки, отвечая на вопрос «чьи вы?», называли себя Нетруненки — то есть принадлежащие Нетруне. Со временем эта форма утратила прямой смысл родства и превратилась в наследственную фамилию, которая сегодня звучит как Нетруненко.