Фамилия Незалёнов — один из тех редких случаев, когда фамилия образована не от имени или профессии, а от глагольной формы с отрицанием. В её основе лежит слово «незалёный» — причастие от глагола «залить» (в значении «залить водой», «затопить»). Так на русском севере и в центральных областях могли назвать человека, чей дом или участок не заливало в половодье, в отличие от соседей. Прозвище Незалёный давали тому, кто жил на возвышенности, на сухом месте, — это было практичное, бытовое именование, понятное каждому крестьянину.

Модель образования типична для русских фамилий на -ов: от прозвища или прилагательного на -ый (Незалёный) отняли окончание и добавили суффикс принадлежности. Получилось Незалёнов — буквально «сын Незалёного». Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сложилась в центральной и северной России, где эта модель была основной, в отличие от украинских (-енко) или польских (-ский) земель.

Встречается версия, что корень может быть связан с глаголом «залить» в переносном смысле — например, «незаливной» (не пьющий, не склонный к запою). Но она менее убедительна: прозвища с отрицанием «не» в русской антропонимии чаще описывали физические или бытовые особенности, а не моральные качества. К тому же гидрологическая тема (заливные луга, паводки) была для земледельцев гораздо актуальнее.

Фамилия редкая. По переписям XIX века её носители встречались в основном в Вологодской и Костромской губерниях — зонах с частыми разливами рек, где разница между «залёным» и «незалёным» участком была вопросом выживания. Встречаются варианты написания через «а» — Незаленов, но это, скорее всего, поздняя орфографическая ошибка, так как ударение в исходном слове падает на «ё»: незалёный.

С точки зрения социального происхождения — это однозначно крестьянская фамилия. Дворянских родов Незалёновых не зафиксировано. Прозвище давали простому человеку, и оно закрепилось за его потомками без изменения.