Фамилия Нежгородский — редкий случай, когда прозвище или географическое название явно перекликается с устойчивым словосочетанием. Основа здесь — «нежгород» или «Неж-город». Первое, что приходит на ум, — связь с «нежный». Но в ономастике такой прямой перенос значения почти никогда не работает. Прозвище Нежгород или Нежагород могло означать человека, который «не жал город» — то есть не любил городскую жизнь, сторонился её, предпочитал деревню или глушь. Это типичная модель для русских прозвищ, построенных на отрицании: Некрас (некрасивый), Нелюб (нелюбимый), Незван (незваный гость). В таком случае Нежгород — это «не жнущий города» или «не живущий в городе», что для крестьянской среды звучало естественно.

Суффикс -ский указывает на дворянский или польский способ образования фамилий, но в данном случае он скорее всего вторичный. Фамилии на -ский в русской среде часто давали по названию местности, которой владел или откуда происходил человек. Если Нежгород — это не прозвище, а название реального населённого пункта, то Нежгородский — выходец из Нежгорода. Однако на картах России, Украины и Беларуси нет ни одного населённого пункта с таким названием, что делает эту версию маловероятной. Скорее всего, фамилия искусственная или семинарская — её могли дать в духовных училищах, где любили образовывать фамилии от библейских или красивых слов. «Нежгород» звучало как «нежный град», «город нежности» — возвышенно и поэтично для семинариста.

Есть и третья, более спорная версия: связь с диалектным словом «неж» — так в некоторых говорах называли низкое место, низину, болото (от «низ»). Тогда Нежгород — «город в низине», что фонетически могло дать Нежгородский. Но это предположение слабое, так как переход «низ» в «неж» не фиксируется в диалектных словарях как регулярный.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был духовным или мещанским. Фамилия не встречается среди старых дворянских родов, не упоминается в боярских книгах. Встречается она преимущественно на юге России и в Центральном Черноземье — в Воронежской, Курской, Белгородской областях. Это косвенно подтверждает прозвищное происхождение: крестьяне, получившие фамилию по прозвищу, нередко сохраняли её в одном регионе.

Итог: фамилия Нежгородский образована от прозвища Нежгород (человек, не жалующий города) с помощью типичного для русских фамилий суффикса -ский, который в данном случае добавили позже, при оформлении фамилии. Версия о реальном населённом пункте не подтверждается, а семинарское происхождение менее вероятно из-за географической привязки к крестьянским областям.