Фамилия Нежкина — это женская форма, а её мужской вариант — Нежкин. В русской традиции такие фамилии обычно указывали на принадлежность: «чей?» — «Нежкин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Нежка. Основа здесь — не глагол «нежить» в смысле баловать, а краткая форма имени или прозвища.

Скорее всего, Нежка — это производное от крестильного имени Нестор (в русском народном обиходе оно звучало как Нестер или Нежка). Суффикс -ка в древнерусских именах был уменьшительно-ласкательным, но со временем закрепился как самостоятельное прозвище. В говорах слово «нежка» могло означать и «неженка», «избалованный человек», однако в основе фамилии чаще лежит именно имя, а не характеристика характера.

Фамилия образована по простой модели: основа на -а (Нежка) плюс суффикс притяжательности -ин. Это одна из древнейших схем русских фамилий, характерная для северных и центральных областей России. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые указывали на отчество от имени на твёрдый согласный, -ин закреплялся за основами на -а/-я.

Встречается фамилия Нежкин (и Нежкина) преимущественно в Поволжье и на Урале. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с таким именованием — например, в Вятской губернии. Интересно, что фамилия не перешла в дворянскую среду и осталась в основном в крестьянском и мещанском сословиях, что подтверждает её «бытовое» происхождение от уличного прозвища или домашнего имени.

С точки зрения словообразования, фамилия Нежкина стоит в одном ряду с такими, как Федькин, Петькин, Васькин — все они образованы от кратких форм имён. Но если Федька и Петька были распространены повсеместно, то Нежка — форма более редкая, что делает фамилию своеобразным маркером конкретного говора или семейной традиции.