Фамилия Незнакина — женская форма фамилии Незнакин, а та в свою очередь образована от прозвища Незнака. В отличие от более привычных «Незнайка» или «Незнакомец», форма «Незнака» встречается реже, что делает фамилию заметной на фоне однокоренных.

Словообразовательная модель проста: к основе Незнак- добавлен типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — «сын Незнаки». Такой способ был массовым в XVI–XVII веках на севере и в центральной России, особенно среди крестьян и посадских людей.

Корень фамилии — отрицательная частица «не» и глагол «знать». Прозвище Незнака могли дать по разным причинам. Самая вероятная: так называли пришлого человека, чужого, о котором никто ничего не знал. В условиях замкнутой сельской общины это было яркой характеристикой — «чужак», «нездешний». Менее распространённая версия: прозвище закрепилось за человеком рассеянным, невнимательным или нелюдимым, который «ничего не знает» о делах общины.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к южнорусским областям, особенно к бывшим Тульской и Рязанской губерниям, где фиксировались фамилии на -кин с основами от личных прозвищ. Встречается она и в Поволжье, но уже как редкая.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Незнамов, Незнаев, Незнакомов — показывает, что все они восходят к одному смысловому гнезду, но различаются суффиксами. Незнакина стоит в ряду тех, где прозвище было коротким и ёмким, без дополнительных уменьшительных или уничижительных оттенков.