Фамилия Незнакин вряд ли связана с тем, что её носитель чего-то не знал. Скорее всего, в её основе лежит древнее «охранительное» имя Незнайка или Незнанка, которое давали ребёнку, чтобы уберечь его от нечистой силы. Смысл обряда был прост: отец или дед выносил больного младенца из избы, а через некоторое время приносил его обратно, объявляя, что это уже не прежний ребёнок, а другой, которого зовут Незнайкой. Бесы, услышав новое имя, должны были решить, что это чужой человек, и отступиться от него.

Разбор фамилии показывает, что она образована по типичной для русских фамилий модели: к основе, которой служило прозвище, добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. То есть Незнакин буквально означает «сын Незнайки» или «сын Незнанки». Суффикс -ин, а не -ов, обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, что как раз и подтверждает происхождение от прозвищной формы.

Степан Борисович Веселовский в своих ономастических трудах приводит несколько ранних упоминаний родственных именований. Так, в 1578 году в Костроме упоминается Незнайко Иван Моисеев, в 1592 году в Арзамасе — Незнайко Богдан Яковлевич. Есть и более ранние примеры: крестьянин Незнан, живший в Новгороде в начале XVI века, и Юрий Незнанов, казнённый в 1570 году там же. Эти записи показывают, что прозвище было распространено в северных и центральных русских землях, а фамилии от него начали складываться уже в XVI веке.

Версия о связи с глаголом «не знать» выглядит менее убедительной: прозвища, данные по умственным качествам, в старину встречались, но охранительная традиция была гораздо более массовой, и именно она объясняет появление целого гнезда фамилий — Незнаев, Незнамов, Незнанский. Фамилия Незнакин органично вписывается в этот ряд, сохранив в себе память о суеверном обычае, которому несколько столетий назад родители доверяли жизнь своих детей.