Фамилия Незнахин происходит от прозвища Незнаха. Перед нами типичная модель русских фамилий на -ин, которые образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я: Незнаха — сын Незнахи, то есть Незнахин.

В основе прозвища лежит древний «охранительный» обычай. Когда ребенок рождался слабым или болезненным, отец или дед выносил его из избы, а через некоторое время вносил обратно, объявляя, что это не прежний младенец, а совсем другой, чужой человек — Незнаха. Считалось, что злые духи, услышав это, потеряют интерес к «новому» ребенку и отступятся. Так имя-оберег должно было обмануть нечистую силу и уберечь дитя. Имя Незнан, от которого, вероятно, произошло прозвище, фиксируется в новгородских землях: в начале XVI века там жил крестьянин Незнан.

С. Б. Веселовский в своих трудах приводит родственные именования, подтверждающие давнюю традицию. Среди них: Незнайко Иван Моисеев, 1578 год, Кострома; Незнайко Богдан Яковлевич, 1592 год, Арзамас; Юрий Незнанов, казненный в 1570 году в Новгороде. Эти примеры показывают, что прозвища с корнем незна- были распространены в разных регионах Руси и не были редкостью.

Прозвище Незнаха закрепилось за человеком как основное бытовое именование, а со временем легло в основу фамилии. Важно отличать эту фамилию от однокоренных, но иных по смыслу: Незнакомцев, Незнамов, Незнаев. Если Незнаев может восходить к глаголу «незнать» в значении «не ведать», то Незнахин почти наверняка связан именно с обрядовым именем-оберегом, поскольку суффикс -ах- в прозвищах часто придавал личное, «домашнее» звучание. Таким образом, фамилия Незнахин — это память о старинном суеверии и родительской заботе, стремлении защитить ребенка от беды.