Фамилия Незнахина — женская форма фамилии Незнахин, которая образована от прозвища или нецерковного имени Незнаха. Основа здесь — древнерусское слово «незнаха», означавшее «незнакомец», «чужак», «неизвестный человек». В диалектах встречалось и значение «неумелый, ничего не знающий», но первичный смысл, скорее всего, связан с чужим, пришлым человеком, а не с отсутствием знаний.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Незнахин — буквально «сын Незнахи» или «человек из рода Незнахи». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён на -а, -я. Мужская форма Незнахин встречается в документах XVII–XVIII веков, например, в переписных книгах северных уездов. Это позволяет предположить, что фамилия бытовала в Поморье или на Русском Севере, где была сильна традиция прозвищных фамилий.

Интересная деталь: у фамилии есть однокоренные варианты — Незнаха, Незнаев, Незнакомов. Но Незнахин выделяется именно суффиксом -ин, который закрепился за прозвищами, оканчивающимися на гласный. Встречается и написание через «о» — Нознахин, но это, вероятно, результат аканья в говорах.

Социально фамилия не была привилегированной. Незнахины — это, скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище за то, что были новыми поселенцами, пришлыми в данной местности. В XIX веке фамилия фиксируется в основном в центральных и северных губерниях России. Сегодня она редкая, но не исчезнувшая.