Фамилия Незнакомов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило почти дословное звучание. Она происходит от прилагательного или существительного «незнакомый», «незнакомец». В старину так могли назвать пришлого человека, чужака, которого в деревне никто не знал. Прозвище Незнаком или Незнакомый закреплялось за переселенцем из другого края, за солдатом, вернувшимся после долгой службы, или за человеком, чьё происхождение было неясно.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе «Незнаком». Это указывает на принадлежность: «чей сын?» — Незнакомов, то есть потомок Незнакома. В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я (например, Незнакомин), форма Незнакомов говорит о том, что исходное прозвище было мужского рода и заканчивалось на твёрдый согласный.

Интересно, что фамилия почти не встречается в старых боярских или дворянских списках. Её носители — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище по месту жительства или обстоятельствам появления в новой общине. В документах XVII–XVIII веков можно найти единичные упоминания «Незнакомов» в переписных книгах северных и центральных губерний, но массового распространения фамилия не получила.

С точки зрения словообразования, это «прозрачная» фамилия: корень «зна-» (от «знать») с отрицательной частицей «не» и суффиксом -ом-. Родственные фамилии — Незнаев, Незнамов, Незнакомкин, но Незнакомов стоит особняком, так как прямо отсылает к понятию незнакомца, а не к глаголу «знать». В современной России фамилия остаётся редкой, что делает её своеобразной — она буквально говорит сама за себя.