Фамилия Незнакомка — редкий случай в русской ономастике. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён, прозвищ или профессий, эта фамилия явно происходит от нарицательного существительного «незнакомка» — женщина, с которой не знакомы, чужая, не известная никому. Сразу бросается в глаза её необычная модель: суффикс -к- здесь не фамильный (как в фамилиях типа Козловка или Петровка), а словообразовательный, женского рода. Это наводит на мысль, что перед нами не фамилия в привычном понимании, а прозвище, данное женщине, которое затем закрепилось за её потомками.

Вероятнее всего, фамилия Незнакомка возникла в среде, где женщину могли прозвать так за её замкнутость, нелюдимость или, наоборот, за то, что она была пришлой, нездешней — «незнакомой» в деревне. В русских говорах слово «незнакомка» могло иметь оттенок «неведомая, таинственная», что иногда давали девушкам, появившимся в селе неизвестно откуда. Мужской вариант — Незнакомец — тоже встречается, но реже; Незнакомка как фамилия почти всегда указывает на то, что родоначальницей была женщина, что для патриархальной России нехарактерно, но возможно, если прозвище дали вдове или солдатке.

С точки зрения географии, фамилия Незнакомка не привязана к какому-то одному региону — она встречается рассеянно, единичными семьями, что подтверждает её прозвищное, а не массовое происхождение. В дореволюционных переписях её почти нет, что говорит о том, что фамилия могла быть неофициальной, уличной, и лишь в советское время её записали в паспорт. Интересно, что однокоренные фамилии (Незнакомов, Незнакомцев) встречаются чаще, но именно форма на -ка сохраняет прямую связь с исходным словом и женским родом.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить, что фамилия образована от мужского прозвища Незнакомка с тем же суффиксом (как, скажем, Косарь — Косарка), но это маловероятно: в русской традиции мужские прозвища редко оформлялись суффиксом -к- в женском роде. Правдоподобнее всего — что фамилия Незнакомка возникла как меткое, почти литературное прозвище женщины, которое запомнилось соседям и перешло к детям.