Фамилия Незнакомец — редкий случай, когда прозвище стало родовым именем почти без изменений. В отличие от типичных русских фамилий на -ов, -ин или -ский, эта сохранила исходную форму нарицательного существительного. Такие «неморфологичные» фамилии встречаются в основном в западных и южных регионах России, а также в среде бывших однодворцев — потомков служилых людей, селившихся на южных рубежах.

Прямое значение слова «незнакомец» — чужой, неизвестный человек. Прозвище Незнакомец могли дать пришлому человеку, переселенцу, тому, чьё происхождение было неясно. В крестьянской среде, где все знали друг друга поколениями, «незнакомец» — это метка, которая прирастала к человеку и его детям. Альтернативная версия — охранительное имя: в традиции называть детей от «сглаза» неблагозвучными прозвищами, чтобы злые силы не позарились на ребёнка. Но для фамилии это менее вероятно: «Незнакомец» — слишком конкретное указание на социальный статус, а не оберег.

Есть и более прозаичная гипотеза: фамилия могла возникнуть из документальной ошибки или переосмысления. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются записи вида «Незнамко», «Незнайка» — от глагола «не знать». При переписи или переходе в другое сословие форму могли «улучшить» до «Незнакомец», сделав её литературнее. Подобные случаи известны: фамилии вроде «Незнамов» или «Незнанов» восходят к тому же корню, но с другим суффиксом.

Фамилия Незнакомец не получила широкого распространения. Она встречается точечно, чаще всего на юге России — в Ростовской, Воронежской областях, а также среди потомков украинских казаков. В официальных справочниках (например, в «Словаре русских фамилий» Б. Унбегауна) она не упоминается, что подтверждает её локальный и относительно поздний характер — скорее всего, фамилия оформилась не раньше XVIII века, когда прозвища стали закрепляться за целыми семьями.

По сути, фамилия Незнакомец — это застывшая ситуация: когда-то предка выделили из общины как чужого, и это слово закрепилось за его родом. В отличие от фамилий, образованных от имени или профессии, здесь нет ни патронимической, ни профессиональной подсказки. Только один факт: кто-то из предков был «незнакомцем» для тех, кто его так назвал.