Фамилия Нидченко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, которая буквально означает «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. Такие фамилии массово закрепились в Левобережной Украине, Слобожанщине и южных регионах России в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне получали фамилии по имени или прозвищу отца.

Корень Нид- — это фонетический вариант имени Нил или Никита, но не прямой, а через просторечную или диалектную форму. В украинских говорах имя Никита нередко сокращали до Нит, Нид, а в некоторых регионах звук «т» перед гласной мог озвончаться в «д» (как в фамилиях Нидзельский, Нидюлин). Есть и вторая, более редкая версия: от прозвища Нида — так могли назвать медлительного или сонного человека (от глагола «нидіти» — чахнуть, томиться, скучать). Впрочем, первая версия выглядит правдоподобнее, поскольку фамилии на -енко от крестильных имён — массовое явление, а прозвищные корни встречаются реже.

Если предки Нидченко были выходцами из казацкой среды, фамилия могла фиксироваться в реестрах Запорожского войска или в метрических книгах Полтавской, Черниговской, Харьковской губерний. В XIX веке носители фамилии встречаются и среди крестьян, и среди мещан, что говорит о широком социальном распространении. В написании иногда путают «Нитченко» и «Нидченко» — это следствие той же диалектной замены глухого «т» на звонкий «д» в устной речи перед закреплением на письме.

По сравнению с однокоренными фамилиями — Никитенко, Нитченко, Нидов — Нидченко выделяется именно этим озвончением, которое для украинской антропонимии нехарактерно, но встречается в зоне смешения говоров. Так что человек с этой фамилией почти наверняка имеет корни в центральной или восточной Украине, а его предок по мужской линии носил имя Никита (или, реже, Нил) в народной огласовке.