Фамилия Нифдиев — редкая и неочевидная, её происхождение не лежит на поверхности. Сразу отбросим самую простую гипотезу: это не тюркская фамилия, несмотря на характерное окончание. Слово «Нифди» в тюркских языках не имеет хождения, а попытки привязать её к арабскому «нифд» (нефть) или персидскому корню выглядят натяжкой.

Ключ к разгадке — в суффиксе. Формант -иев в русских фамилиях — редкий и почти всегда указывает на иноязычную основу, чаще всего греческую или южнославянскую. В греческой ономастике суффикс -идис (-idis) образует фамилии по модели «сын такого-то» (например, Пападис, Христофидис). При русификации таких фамилий конечное -ис часто отбрасывали или заменяли на -ий, а затем добавляли русский патронимический суффикс -ев. Так Нифдис мог превратиться в Нифдиев.

Основа «Нифд» в таком случае — это искажённое греческое имя или прозвище. Наиболее вероятная версия: от греческого имени Нифонт (Νήφων), что означает «трезвый», «рассудительный». В русской традиции это имя известно в форме Нифонт, а в греческой просторечной — Нифондис. Сокращение до Нифдис и последующая русификация дают Нифдиев. Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит топоним Нифдика (местность в Греции) или прозвище от греческого «нифо» (снег) — но эта версия слабее, так как не объясняет суффикс.

Таким образом, носитель фамилии Нифдиев, скорее всего, потомок грека, переселившегося в Россию (вероятно, в Приазовье, Крым или на юг Украины) в XVIII–XIX веках. Фамилия могла принадлежать священнику (имя Нифонт было популярно среди духовенства), торговцу или ремесленнику. Встречаемость фамилии крайне низкая, она не попала в массовые справочники — это указывает на локальное бытование, возможно, в одной семье, сохранившей исходную форму.