Фамилия Нифтиев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит не славянское, а тюркское или арабское имя, которое подверглось русской адаптации.

Наиболее вероятная версия — связь с именем Нифти. Это имя могло быть вариантом арабского Нафти (от слова «нафт» — нефть) или диалектной формой имени Нифтулла (в переводе с арабского «дыхание Аллаха»). В тюркской среде такие имена встречались, хоть и не были повсеместными. В русском языке имя Нифти легко обрастало патронимическим суффиксом -ев, типичным для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или -и: Нифти + ев = Нифтиев.

Менее правдоподобна, но технически возможна версия от прозвища Нифтя. В некоторых говорах «нифтя» или «нифта» могло означать нечто вялое, медлительное, но это слово не зафиксировано в словарях как общеупотребительное, поэтому версия с именем выглядит предпочтительнее.

Фамилия Нифтиев — почти наверняка поздняя, возникшая не ранее XVIII–XIX веков, когда крестьянам и инородцам массово присваивали фамилии. Её носители, вероятно, происходили из среды крещёных татар, башкир или других народов Поволжья, где арабские имена были распространены. Географически фамилия может быть привязана к Оренбургской, Уфимской или Казанской губерниям.

Словообразовательная модель проста: тюркское или арабское личное имя + русский фамильный суффикс. Это типичный пример того, как при переходе в православие инородческое имя превращалось в фамилию, закрепляя за родом память о предке по имени Нифти.