Фамилия Нифедов — один из примеров того, как народное произношение закрепилось в официальном документе. В основе лежит каноническое имя Мефодий (от греческого «методос» — способ, метод). В разговорной речи начальное «Ме» часто редуцировалось, и имя звучало как «Нефёд» или «Нифёд». От этой обиходной формы с помощью стандартного русского суффикса принадлежности -ов и образовалась фамилия: Нифёдов → в безударном положении на письме закрепилось «Нифедов». Встречается и вариант Нефедов — оба восходят к одному источнику, но различаются закреплением в паспортных записях разных губерний.

Модель образования здесь типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на патроним, то есть на «сына Нифёда». Менее вероятно, но не исключено, что в редких случаях основой могло стать прозвище от диалектного «нифедя» — так в некоторых говорах называли нерасторопного или простоватого человека. Однако церковное имя Мефодий — главный и бесспорный источник.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где имя Мефодий было распространено среди крестьян и духовенства. В дореволюционных метриках Нифедовы чаще всего встречаются в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях. Среди сословий преобладали крестьяне и мещане; дворянских родов с такой фамилией практически не зафиксировано.

В словообразовательном плане фамилия интересна тем, что сохранила следы живого произношения, которое расходилось с книжной нормой. Это роднит её с фамилиями вроде Федотов (от Феодот) или Миронов (от Мирон), где народная фонетика вытеснила полное церковнославянское звучание. Таким образом, Нифедов — не просто «сын Мефодия», а свидетельство того, как имя адаптировалось в повседневной речи и осталось в ней навсегда.