Фамилия Ниганов нечастая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русских фамилиях суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Нигана), поэтому ключевой вопрос — что скрывается за корнем «Ниган-».

Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову нига́ или нига́н. В северных и сибирских говорах так называли ленивого, неповоротливого человека, увальня. Прозвище Ниган давали тому, кто отличался медлительностью или нежеланием работать. Фамилия, образованная от такой характеристики, закреплялась за потомками прозванного — Нигановы, то есть «дети Нигана».

Менее распространённая версия связывает фамилию с тюркским именем Ниган (вариант имени Нигмат — «благодать», «благо»). В этом случае фамилия могла возникнуть у крещёных татар или башкир, у которых имя адаптировалось к русской модели на -ов. Однако для русского уха слово «ниган» звучит как прозвище, а не как имя, поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Географически Нигановы встречаются в основном на Русском Севере (Архангельская, Вологодская области) и в Сибири — это как раз те регионы, где диалектное слово «нига» было в ходу. В центральных областях фамилия редка.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на «-анов» (Иванов, Степанов), здесь нет суффикса -ан- как части имени. Корень «Ниган» — цельное прозвище, а не усечённая форма от Никанор или Аникита. Фамилия Ниганов — один из примеров, когда за простой на вид основой стоит живая народная речь, а не книжное имя.