Фамилия Нигомодьянова — редкий случай, когда географический и языковой анализ почти наверняка ведёт в один регион и к одному этносу. Основа фамилии — «Нигомодьян» (мужская форма) — с огромной вероятностью происходит от таджикского или узбекского имени Нигматулла или Нигматджан, где «нигмат» означает «благо, достаток, милость». В русской записи сложное восточное имя могло сильно исказиться: долгое «гм» осмыслилось как «гом», а финальное «улла» или «джан» превратилось в «одьян». Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») стандартно указывает на принадлежность: «сын Нигомодьяна» или «из семьи Нигомодьяна».

Словообразовательная модель здесь необычна: суффикс присоединён не к чистому корню, а к уже русифицированной форме имени, что типично для фамилий, возникших в XIX — начале XX века в среде оседлых народов Средней Азии, принявших православие или перешедших на русское делопроизводство. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был выходцем из Бухары, Самарканда или Ходжента — регионов, где имена с корнем «нигмат» были распространены повсеместно.

Менее правдоподобна версия, связывающая фамилию с арабским «нигамат» (наказание) — в тюркских и иранских языках это значение почти не встречается в личных именах, а в качестве прозвища было бы слишком мрачным для фамилии. Спорной можно считать гипотезу о происхождении от русского прозвища «Нигомодья» (якобы от «не гомонить» — не шуметь) — в письменных источниках такое прозвище не зафиксировано, а фонетика фамилии явно восточная.

Написание с «о» после «г» (Нигомодьянова, а не Нигмадъянова) — характерная черта народной этимологии: непонятное слово «подогнали» под привычное звучание. В современных базах данных фамилия встречается в единичных случаях, преимущественно в Уральском регионе и Западной Сибири, куда в XIX веке переселялись ссыльные и отходники из Средней Азии. Сословно предки, скорее всего, относились к государственным крестьянам или мещанам — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.