Фамилия Нииповый — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корни, нужно отбросить современное звучание и посмотреть на словообразовательную модель. Суффикс -ов- в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность («чей?»), а основа «Ниип» — явно искажённая, возможно, результат диалектного произношения или ошибки писаря при переписи.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с каноническим именем Ипат (от греческого «высочайший»). В народной речи имя Ипат нередко произносили как «Нипат» или «Нип» — приставной звук «н» часто возникал в начале слов, особенно в диалектах северных и сибирских губерний (сравните: «н-яблоко» вместо «яблоко» в некоторых говорах). От прозвища Нип (или Нипа) с помощью суффикса -ов- и образовалась форма Ниипов, а прилагательное «Нииповый» могло закрепиться как фамилия в форме краткого притяжательного прилагательного, что встречается реже, но фиксируется в русской ономастике (например, фамилии типа Толстовый, Пьянковый).

Другая, менее вероятная гипотеза — связь с диалектным словом «нипа» (низина, топкое место) или с глаголом «нипать» (в некоторых говорах — «нырять», «проваливаться»). Тогда Нииповый — прозвище человека, жившего у болота или имевшего привычку «нырять» в дела. Однако эта версия слабее, потому что суффикс -ов- в фамилиях от географических названий и прозвищ обычно даёт форму Ниипов, а не Нииповый. Форма на -овый характерна для фамилий, образованных от прилагательных, и часто указывает на прозвище по качеству или внешнему признаку.

Если исходить из версии с именем Ипат, то предки Нииповых были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени отца или деда. Географически фамилия могла возникнуть в регионах, где было распространено «аканье» и приставное «н» — например, в бывших Новгородской, Вологодской или Архангельской губерниях. В современных справочниках фамилия не встречается, что говорит о её крайней редкости и, возможно, угасании или переходе в более привычную форму Ниипов.