Фамилия Ниишков — один из тех случаев, когда написание может сбить с толку. Если вы ищете корни, первое, что нужно сделать, — проверить, не затесалась ли лишняя буква. В русской ономастике суффикс -ск- обычно присоединяется к основе на -иш-, и тогда фамилия выглядела бы как Ниишковский. Но перед нами -ов, а не -ск-, что наводит на мысль: либо это редкая или искажённая форма, либо перед нами нестандартная модель.

Скорее всего, основа «Ниишк» — это производное от имени или прозвища с уменьшительным суффиксом -ишк-. В русских говорах такой суффикс мог придавать пренебрежительный или ласкательный оттенок (сравните «домишко», «парнишка»). Сама же основа «Нии» — тёмное место. Возможно, это искажённое «Ний» или «Ния» — редкие календарные имена (Ний — древнегреческое имя, встречавшееся в святцах). Или же это описка, и правильное написание — Нишков, от прозвища Нишко (от диалектного «ниш» — тихий, смирный, или от «нищий» в южнорусском произношении).

Ещё одна версия: фамилия могла возникнуть на стыке языков. В прибалтийско-финских языках есть корни вроде «nii» (луг, болото) или «niitty» (луг). Если предок жил на Северо-Западе России, в Карелии или бывшей Ингерманландии, то прозвище Ниишко могло означать «луговик» или «житель низины». Тогда Ниишков — это «сын Ниишки», то есть человека, получившего прозвище по месту жительства.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных источниках и современных базах она почти не встречается. Это значит, что её носители, скорее всего, происходят из одного небольшого рода, и разгадка может лежать в местном говоре или диалекте. Если у вас есть семейные предания о переселении или старые записи, стоит сверить написание: возможно, изначально фамилия звучала как Нишков или Ниишковский, а буква «и» появилась из-за ошибки писаря.