Фамилия Ниишко — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а финно-угорское, точнее — прибалтийско-финское. Ключ к разгадке — финаль «-шко». В русских фамилиях такой суффикс встречается редко и обычно указывает на западнославянское (польское, украинское) влияние, но здесь работает другая логика.

Основа «Нии-» восходит к финскому или карельскому слову «nii» или «niitty» — «луг», «низина». В прибалтийско-финских языках это распространённый топонимический элемент: названия деревень и урочищ часто включали корень «ni-». Фамилия Ниишко могла образоваться от прозвища, данного человеку, жившему на лугу, у заливного покоса, или от названия хутора Нииска (Niiska). Суффикс «-шко» в таком случае — это уменьшительная или принадлежная форма, адаптированная к русскому произношению. Именно так финские и карельские фамилии русифицировались в XIX веке: местные жители получали паспорта, и чиновники на слух записывали прозвища с привычными для себя окончаниями.

Географически фамилия Ниишко должна быть привязана к регионам, где исторически жили ингерманландские финны, карелы или ижора: Ленинградская область, Карелия, юг Финляндии (бывшая Выборгская губерния). Если искать аналоги, то однокоренные фамилии — Ниикканен, Нииниваара, Ниитимяки — гораздо чаще встречаются у финнов. Ниишко — более редкий вариант, который мог закрепиться в результате смешанных браков или при переселении вглубь России.

Есть и вторая, менее вероятная версия: основа могла быть немецкой, от имени Нииш (Niisch) — краткой формы от Николаус. Тогда суффикс «-ко» указывал бы на украинское или белорусское происхождение. Но для этого фамилия должна была бы писаться как Ниишко с ударением на второй слог и встречаться на юго-западе, а не на северо-западе. Первая версия — о финском луговом корне — и по географии, и по словообразованию убедительнее.

Дворянского происхождения у фамилии Ниишко, скорее всего, нет. Носители — выходцы из крестьян или мещан, вероятно, лютеране по вере, чьи предки занимались сенокосом или скотоводством на заливных лугах. Сегодня фамилия остаётся очень редкой, и каждый её носитель — живое свидетельство того, как финский топоним оброс русским окончанием и стал родовым именем.