Фамилия Нишенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Никон. Ниша — производная форма крестильных имен Никон (в переводе с греческого «побеждающий»), Никита (с греческого «победитель»), Нифонт (с греческого «рассудительный»), Никифор («приносящий победу») и др. Согласно другой гипотезе, фамилия Нишенко образована от прозвища Ниша, которое восходит к аналогичному нарицательному. Нишей называют углубление, впадину (например, на склоне горы). Исходя из этого, можно предположить, что это прозвище указывало на место жительства предка. Поэтому Нишенко буквально понималось как «сын Ниши».