Фамилия Нишева — женская форма, парная к мужской Нишев. В русской традиции такие фамилии обычно заканчиваются на -ов/-ев, и здесь суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Нишев, то есть потомок или человек из семьи Ниша. Основа фамилии — личное имя или прозвище Ниш.

Самый прямой путь к происхождению лежит через тюркские языки. Слово «ниш» (или «ныш») в ряде тюркских наречий означает «знак», «метка», «цель» (в значении мишени). Прозвище Ниш могли дать меткому стрелку, охотнику или, напротив, человеку с заметной приметой — родимым пятном, шрамом. Также в тюркских языках «ниш» — это «остриё», «жало», что могло относиться к человеку с острым языком или колким характером.

Нельзя исключать и славянский след, хотя он менее вероятен. В диалектах русского севера встречается глагол «ни́шить» — медлить, мешкать. Тогда Ниш — прозвище неторопливого, флегматичного человека. Однако географическое распространение фамилии склоняет к тюркской версии: Нишевы чаще встречаются в Поволжье и на юге России, в зоне активных контактов с татарами, башкирами и другими тюркскими народами.

Модель образования проста: основа Ниш + патронимический суффикс -ев. Это типичная «фамилия второго поколения»: сначала прозвище Ниш закрепилось за главой семьи, а затем его дети и внуки стали Нишевыми. В официальных документах XIX века такие фамилии часто записывали как Нишевъ, с твёрдым знаком на конце.

В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, суффикс -ев здесь закрепился из-за мягкого или шипящего окончания основы (Ниш — на шипящий). Это стандартное правило русской орфографии: после шипящих и ц под ударением пишется -ов, без ударения — -ев. Фамилия Нишев — безударный вариант, что тоже косвенно указывает на нерусское происхождение корня: в исконно русских словах ударение чаще падало бы на основу.

Сейчас Нишева — фамилия редкая, не входящая в сотни самых распространённых. Её носительницы могут с равной вероятностью иметь русские, татарские или смешанные корни, но исходное значение, скорее всего, отсылает к меткому стрелку или человеку с заметной приметой.