Фамилия Нишукова — вариант женского рода от фамилии Нишуков. В русской традиции такие фамилии образовывались от мужской формы через добавление окончания -а: Нишуков → Нишукова. Судя по суффиксу -ов-, фамилия принадлежит к самому массовому типу русских фамилий — патронимическому, то есть указывающему на родство по отцу.

Корень фамилии — Нишук. Это имя или прозвище, которое, скорее всего, имеет уменьшительно-ласкательный оттенок. Модель образования проста: к основе Ниш- добавили суффикс -ук, характерный для украинского, белорусского и южнорусского именослова. Суффикс -ук часто указывал на молодого человека или сына: Нишук — «маленький Ниш» или «сын Ниша». Сама основа Ниш- восходит к каноническому крестильному имени Никифор (греч. «несущий победу») или Никодим («побеждающий народ»). В разговорной речи эти имена сокращались: Никифор превращался в Нишу, Никодим — в Нишу или Нишука. Так что предок носителя фамилии мог зваться Никифором или Никодимом, а в быту его называли Нишуком.

Географически фамилия Нишуков (и Нишукова) тяготеет к югу России и Украине — как раз к зоне, где распространены фамилии на -ук. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: возможно, род пошёл из одного села или городка. Сословный состав предков мог быть разным — от крестьян до казаков, но патроним на -ов чаще давали в среде, где фамилии закреплялись через земельные переписи, то есть у крестьян и мещан.

Единственная тонкость: фамилия Нишукова не путает с однокоренной Нищикова, где корень нищ- (от слова «нищий»). В нашем случае корень другой — с одним «щ», и он связан с личным именем, а не с бедностью.